德川家康最忠诚的家臣们组成他的家臣团。他们管理着德川家族的大片土地，统领着数万名有封地的武士。他们担任法官、军需官、兵器修护员、稽查官、奸细以及让任何一支军队有效运转的其他各种职业。

德川家康将大名分为三种。第一种属于他的大家族，由二十多个有直接亲缘关系的家庭的“亲藩”组成。这种大名控制着日本全部农业的大约三分之一。

与德川家族没有亲缘关系的大名有两百多名，分为两组。德川家康的长期盟友叫作“谱代大名”，是德川家康信任的人。他们的封地通常规模较小，但处于战略性地区。加起来，谱代大名共控制着略少于三分之一的田地。德川家康的“新封臣”叫作“外様大名”，他们是德川家康曾经的劲敌，控制着近百分之四十的土地。

德川家康和他的子孙后代逼迫每一位亲藩大名、外様大名、谱代大名一生中一半的时间住在都城江户，另一半时间住在他们的领地。这种“参勤交代”制度还有其他目的。通过这种方式，将军能使每个人处于被监控的状态。此外，大名们维护藩内居所还有他们在江户的居所的巨大费用以及高昂的路途花费，都需他们自己承担，这成了间接征税，削弱了他们的财力。

德川家康将他们的亲属扣为终身人质，住在江户。大名之间的收养、通婚和政治经济联盟也被禁止。他还利用一个全面的、无处不在的间谍网络来严密监视大名。

利用大名之间长期以来的嫉妒和猜忌，避免他们发展联系。他把他的亲藩大名安插在通往江户的主干道上，把他的盟友谱代大名安置在外様大名之间。他经常把大名到处调动，而且经常把宿敌安插在彼此相邻的地方，以制约他们。

历史上德川幕府延续了265年，不得不说取得了一定的成功。该政府是军事政府和非军事政府的混合，也是私人政府与公共政府、地区性政府与全国性政府的复合体。

但是自从远东来到了这个时代，日本历史也有了些许的改变，萨摩藩依附远东迅速的崛起，给德川幕府造成了压力和担忧。德川家光并没有像历史上那样发布了锁国令，也并没有控制朱印船的数量，反而是逐年增加的趋势。

远东洗劫了佐渡金山，劫掠了堺港的行动，让幕府第三代的大将军德川家光，认识到了火器的威力，尤其是远东火炮给幕府军队造成的惨重损失，也让德川家光有了发展火炮的想法。可是日本本土并没有能力生产火炮，德川家光只能通过贸易，希望从西方殖民者进口火炮。

他用各种手段，倒是在西方殖民者那里购进了一批，为幕府军队添置了不少的火炮，还耗费巨资改进幕府军队的铁炮。但是自从远东控制了东亚的洋面，马尼拉以北地区的西方商船已经绝迹，德川幕府也失去了火炮的来源。